Prototype potrebbe essere descritto come "un uomo acquisisce enormi poteri sovrannaturali e ammazza una marea di persone", se non avete svelato la storia di cospirazione celata nel gioco e approfondisce notevolmente il contesto. Ad ogni modo, sia che non l'abbiate seguita o i ricordi del primo Prototype sono ricoperti solo da tentacoli e sangue, date un'occhiata al timeline trailer per rinfrescarvi la memoria, prima dell'arrivo di Prototype 2.